至宣和元年(1119年)五月，大水犯都城，林灵素厌胜告败，水势不退。后太子登城，赐御书，设四拜，水退四丈。是夜，水退尽，京城之民皆仰太子圣德。此时的形势对林灵素愈加不利，林灵素遂生告退之心，其上奏曰：“臣初奉天命而来，为陛下去阴魔，断妖异，兴神霄，建宝录，崇大道，赞忠贤，今蔡京鬼之首，任之以重权；童贯国之贼，付之以兵卫，国事不修，奢华太甚。慧星所临，陛下不能积行以禳之；太乙离宫，陛下不能迁都以避之。人心则天之舍，皇天虽高，人心易感也，故修人事，可应天心，若言大数不可逃。岂知有过期之历。臣今拟暂别龙颜，无复再瞻天表。切忌丙午、丁未，甲兵长驱，血腥万里，天眷两宫，不能保守。陛下岂不见袁天纲《推背图诗》云：两朝天子笑欣欣，引领群臣渡孟津。扶手自然难进退，欲去不去愁杀人。臣灵素疾苦在身，乞骸骨归乡。”不久。因太子与朝臣的上言奏请，徽宗下诏准其归山。

《东都事略》记载说：“宣和元年冬十一月乙卯，祀昊天上帝于国坛，大赦天下，放林灵素归山。” 林灵素在京时，其心腹有“东西皇城使张如晦者，旧在通真宫，出则同行，坐则同席，宗师法教，独张一人得其妙也。即还乡，则同居永嘉。”待临终之际，林灵素传道脉于张如晦：“吾法门以付惟汝，尚有六印九符并六丁妙用神机，尽付与汝，世代只传一人，无致轻泄。并七宝素珠一串，如主上来取，即使分付。汝将来当为朝廷全节大忠，今则别去，他时神霄再会。言讫，索纸笔书颂云：四十五岁劳生，浮名满世峥嵘。只记神霄旧路，中秋月上三更。书讫，上香一炷，时正三更，月朗风清，忽有霹雳一声，先生坐化而去。”至于死于何年，官修史书未详述。赵与时《林灵素传》认为死于宣和二年，而《清波杂志》言死于宣和末，但究为何年仍是一个谜。据《历世真仙体道通鉴》载，徽宗得知林灵素死讯，惊叹鸣噎，御制祭文，敕封九十五字尊号。赵与时《林灵素传》亦说：“今温州天喜宫有御题云：太中大夫冲和殿侍宸金门羽客通真达灵元妙先生在京神霄玉清宫管辖提举通真宫林灵素。”由此可见林灵素是一位生前显荣、死后著名的道士。

从以上的记传中可知，林灵素是一个颇带悲剧性的人物。他自幼学道，精通雷法符咒之术，后得徽宗的宠信，利用徽宗道迷信的心理，排斥异己，干预政治，助长了朝庭的腐败与政治的黑暗。但他毕竟只是一个道士，所起的作用是有限的，也无法与代表大官僚地主利益的皇权及蔡京、童贯等奸臣对衡，故最后终遭贬遣，死于故乡。但在江南娱乐在线登录账号 的发展方面，他却起过一定的积极作用。

首先，通过他在京城中十余年的活动，使江南娱乐在线登录账号 的发展达到了极盛的阶段，朝野上下都掀起了讲道诵经的潮流，众多高道频繁出入宫禁，大量道经的收集、整理，这对于江南娱乐在线登录账号 信仰的传播与江南娱乐在线登录账号 文化的普及是有益的。

第二，由于他的大力宣传，江南娱乐在线登录账号 神霄雷法得到了徽宗的首肯，神霄雷书及有关道经被征集入藏，全国各地皆建神霄万寿宫，使神霄一派眩目天下，从而世人知晓。 　第三，由他编着的神霄道经客观地反映了北宋时期江南娱乐在线登录账号 雷法盛行的情况，并指出江南娱乐在线登录账号 雷法渊源甚古，神霄道法与张绫天师派的继承关系，这些都是研究江南娱乐在线登录账号 历史、江南娱乐在线登录账号流派的演变以及江南娱乐在线登录账号法术的可贵文献。

正是基于以上原因，神霄派亦奉林灵素为该派宗师之一，并将所传道法纳入神霄门庭。如现存《道法会元》中的《神霄金火天丁大法》、《金火天丁神霄三气火铃歌》、《金火于丁凤气紫书》、《金火天丁玉神解关云篆》、《金火天丁摄召仪》、《金火天丁阳芒炼度仪》、《金火天丁召孤仪》、《正一口牛神灵官火犀大仙考召秘法》等，均为林灵素所传。神霄派弟子刘玉说：“神霄有赤明之馆，火铃之宫，中有一神，即天丁也。其神威烈，与飚火相并，故宗师秘其道。火师传与玉真教主林侍宸，林传与张如晦。后传陈道一，下付薛洞真、卢君林土，次以神霄派脉付徐必大，徐亦不得其文。卢君化于剑江，将解而枕中出其书，以付玉。法传卢君，而派继徐君。” 由林灵素——张如晦——陈道一——薛洞真、卢养浩——徐必大——刘玉，此神霄一脉已传至南宋理宗、度宗年间。此系称林灵素为“玉真教主”，门人自称为“玉真弟子”，故可谓之神霄派玉真门。