当时有一位跟仙人一样的长者，他住在岐山之下，名叫岐伯，善于研究草本药物的性情和味道，有高深的医学造诣，黄帝请他主管调治药物，治疗疾病。黄帝于是又编修神农所尝百草药的性味等，用以调治疾病，撰写内外经。又有叫雷公的记述炮炙药草的用法，确定药性的正偏之性。另有扁鹊、俞附二位臣子，研习确定脉学经典，并以此诊断百姓得病的病因，发病的病理机制以及预后，甚至于生死寿夭等。黄帝也和扁鹊讨论脉法，并撰著《素书》上下卷。后来汉代元里公乘阳庆，淳于意能知疾病，预后生死，就是根据脉学来的。黄帝又请教岐伯脉法，又撰著《内经》等书，《内经》包括《素问·灵枢》两大部份，各有九卷，后来黄帝他们一起讨论又做了修订。按《素问》里的序文说是岐伯作的。现存的卷数有缺失，其中说的《八十一难经》是以后他们增修的。又有人说：上天降下素女让他给人治病，黄帝向其请教医道，于是著有《素问》。黄帝询问少俞针法，于是又做针经明堂图灸之法，这是针灸和中医中药的开始。黄帝有天下二十二年，忽有蚩尤氏不听黄帝的号令，他随意残害黎民百姓，并私自制作铠甲、刃剑，招兵买马，拥兵自重。黄帝招诸侯前来打了半年也没取胜，就思念有贤能的人来辅佐他，因此梦中看到有大风吹扫天下的尘垢，又梦一人拿着千钧的弓弩，驱赶有几万只的羊群。梦醒之后思索说：风是执政者的号令，垢，去掉土就化解作清了，天下应当有姓风名后的人。用千钧之弩的人，是希冀于力量远大的人，驱赶几万只的羊群，是牧人之中最优秀的，难道说有姓力名牧的人吗？黄帝因做梦多有应验，就写了解释梦的书，又让人去寻找这两个梦中之人。果然在海边找到了风后，在湖泽边寻到了力牧。就让风后理民做相，力牧带兵为将，这也是有将和相的开始。黄帝与蚩尤在逐鹿的原野上交战，还是没有打胜。蚩尤作百里大雾，弥漫三日不退，黄帝的士卒都分不清方向。于是风后根据北斗星运转的机理制作指南车，来分辨四方。黄帝下令再次交战，还是没有打胜，退到了太山附近的土坡旁休整，在惨淡昏暗之中入寐。又梦见西王母派遣一位道人身披黑狐皮，把一个符授与黄帝说：“太乙在前，天一在后，得之者胜，战则克矣。”黄帝梦醒后不明其意，就去问风后，风后说：“这是天意，此仗必定克敌制胜。但要设置祭坛祈祷。”黄帝即设坛，稽首跪拜，果然得到符节，就佩戴在身，仰天感叹地说他未能打胜仗的原因，用精诚感动上天，天下大雾，三日三夜昏暗无光。天降一妇人，黄帝稽首跪拜腑伏，妇人说：“我是玄女，你有何疑问？”黄帝说：“蚩尤残暴成性，杀人害物，我想打一仗就战胜他。”玄女传授黄帝三宫秘略，五音权谋，阴阳兵法之术，叫做玄女战术。黄帝的阴阳术，就是后来六壬太乙遁甲运式法。玄女又传授《阴符经》三百个字，黄帝阅读研习了百日，讨伐并征伏了蚩尤。又传授黄帝《灵宝五符真文》及用兵之道，黄帝掌握之后准备彻底把蚩尤给消灭了。又让风后研究河图，为式法，创立一百零八局，名叫遁甲。黄帝又按排十六神历，推演太一六壬等法。又叙述六甲阴阳之道，作《胜负握机之图》及兵法要决，名《黄帝兵法》三卷。还有《出军大帅年命立成》《太一兵式》《黄帝出军新用决》《黄帝夏时占兵气》《黄帝十八阵图》《黄帝问玄女之决》《风后孤虚诀》《务成子玄兵灾异占》《鬼臾区兵法》这些都来源于黄帝之时，也是后人再增修的著作。黄帝于是根据纳甲五音五方的计算法则，审理攻战事宜，又率领诸候再次征伐蚩尤。蚩尤率魑魅魍魉，又请风伯雨师随大风而来，令应龙蓄水攻打黄帝。黄帝也请风伯雨师以及天下女妖以降雨，驱赶应龙直到南极，于是蚩尤在顾泉战败，在中冀之地把他杀了。黄帝让人在旗帜上画蚩尤的形象，用来厌制邪魅，名叫蚩尤旗。收得蚩尤兵书《行军秘术》一卷，《蚩尤兵法》二卷。

黄帝又与榆冈争夺天下，榆冈自恃神农氏的后人，这才与黄帝争天下。黄帝开始用鵰鹗鹰鹤做为旗帜，把熊罴豹虎做为先锋，在坂泉的旷野交战，交战三次而后才被黄帝打败。从此以后诸候之中，若有不依号令的，黄帝都率部征伐他们。一共有五十二次战事，从此天下安定。黄帝因为征伐判逆，表颂有功，让岐伯作军队颂歌，使鼓角吹奏。叫做箫铙歌，意为是鼓舞士气保家卫国。又作棡鼓曲，灵夔吼，凋鹗争，石坠崖，壮士怒，玄朱鹭等曲，其用意是宣扬武德，叫做凯歌。于是各个诸候都尊崇黄帝为天子。黄帝是已酉即位，承接神农之后，因火生土，以土德称王，天下人号称黄帝，位居中央，而临制四方。黄帝勤于政事，不曾安心闲居。他和诸位臣子游历山川，观山河之壮丽。询问风后说：“我想知道河道的源流。”回答说：“共有五条大河，都从昆仑山流出。”黄河源于昆仑山东南脚下，其余四河说在东方朔《十洲记》中。黄帝开始画野分州，分辨水土所宜，区别风俗之异。有青乌子善于相地，黄帝让他著书。又问地老让他说明五方土地气候的利害关系。有一位叫容成子的，是得道的人，懂得声律；在女娲之后，他开始为黄帝制作律历，最初起始于丁亥，到这个时候制作的笙，吹起来就象是凤凰的鸣叫一样。素女从广都来，教黄帝学习有五十弦的瑟。黄帝把瑟改做二十五弦，瑟长七尺二寸。黄帝开始用抑制人情志的办法，给他们施行十义。十义就是要求君仁臣忠，父慈子孝，兄良弟悌，夫信妇贞，长惠幼顺。也是黄帝制作礼乐的开始。黄帝以为天下大定，符瑞并臻，于是登泰山而封禅。观天文，察地理，架宫室，制衣服，候气律，造百工之艺，积功累德，故天授车驾服饰斧钺，华盖羽仪，天神之兵。黄帝又着轩舆之铭，推律以定姓氏。

黄帝的四个妃子：嫘祖，嫫母，费修，女节。生二十五子，得姓者有十二，姬，酉，祈，己，滕，箴，任，苟，僖，诘，旋，惟釐一姓不同。所说的黄帝姓公孙，虽古史相传，理终不通。况且黄帝生于有熊，长于姬水，只合以姬为姓氏。

黄帝因天下既然理顺，物用具备，四方安服，百姓乐业，便寻访高真隐居之士，学道求仙，希冀犹得长生久视，所谓的先治理天下，积功累德，而后再成道登仙的人。当时有一位叫宁封子，掌制造陶器之事。有一位神人，经过那里，教他施用炉火之法，出现五色的烟雾，他可以随五色烟上下，修道成仙离去之后，到有流沙的地方，食用飞鱼，暂时死亡，二百年后又重生，他作沙头颂说：青蕖灼烁千载舒，万龄暂死饵飞鱼。

还有一位叫务光子的，身高八尺七寸，也是神仙中人。他善于养性，爱好鼓琴，是一位有道的长寿者。另有一位叫赤将子舆的，不食五谷杂粮，只吃百草而且长寿，尧时做木工，他能随风起而上下，当时就有二千岁了。有一位叫容成公的，善于调理会导引之术，护持身体，保养元气，形神不离，能让自己的白发复黑，齿落复生。黄帝羡慕他们有道便营建五城十二楼，用来接待有道的人。又游历访道去华山、首山，向东到泰山。经常遇到一些奇怪的事情，都和神仙有关。黄帝于是造圜丘用来祭告上天，将要祈求至大至玄的妙道。就以九元子为老师，在地皇元年正月第一个寅日，于河中东蒲坂县的首山斋戒，再次周游而访真问道。到了襄城郊野，见一个牧马的小孩，黄帝问他说：“治理天下应该怎样？”小孩回答说：“治理天下和牧马没两样，除掉害群之马就可以了。”黄帝听到这话很赞赏，称他为老师，就又走了。到达圜丘，其国有不死之树，吃了树的子和叶，人都不会死。又有一个名叫丹峦的水泉，饮泉水就会长寿。登崆峒山，见广成子问以至道，广成子不回答。黄帝回去，舍弃天下不理，筑一个特别的居室，用茅草做屋顶盖屋，在房间里住了三个月，还要前去，再次求教修身之道，广成子这回才传授他《自然经》一卷。黄帝放弃帝王的尊贵，依托像野猪那样的文字，登鸡山，陟王屋，开石函，发玉笈，得到《九鼎神丹注决》。南至长江，登熊山与湘山；又往天台山，受金液神丹；东到青丘山，见紫府先生，受《三皇内文》。南置五芝玄涧，登圜垄，在树荫中建木制楼台，便于百灵所登降，采若干之芝草，饮丹峦之水。向南至青城山，礼竭中黄丈人。又在闲暇时登云台山见宁封子，受《龙跃经》……黄帝于是绘制山形，认真地画各山的形象，绘制了《五岳真形图》。黄帝藏《兵法胜负之图》，《六甲阴阳之书》于苗山。黄帝合符瑞于釜山，得不死之道，奉事太一元君受要记，修道养生之法于玄女，素女授还精补脑之术。玄女授帝如意神方，即藏之崆峒山。黄帝精推步之术于山稽力牧，着体用之决于岐伯雷公，讲占候于风后先生。黄帝得玄女授《阴符经》义，能内含天机，外合人事。黄帝所治理的天下，南至交趾，北至幽陵，西至流沙，东至蟠木。黄帝准备舍弃天下，他说：“我听说在于对待天下的百姓要宽仁，没听说要治理天下。我对天下的劳动已经很久了，将要在我的玄圃休驾，以返回我的天真之性。”黄帝修治车架封禅，礼毕，采首山之铜，在荆山之下铸造九鼎，以象太一。孙寿三百六十岁，入九嶷山得仙而去。后来三千六百年，尧治理天下。洪水既甚，人民垫溺，禹念之，乃化生于石纽山。说：女狄暮汲水，得石子如珠，爱而吞之有娠，十四月而生子。等到长大，能知泉源，便起名叫禹，后人称他叫神禹。当时有一位叫马师皇的人，善于医治马病，他的奇思妙想能与神通。有龙下于庭，伏地张口，师皇看他说：“这龙有病，求我医治。”师皇便引针于龙口上下，用牛乳煎甘草灌它，龙的病好了，师皇乘上这条龙得仙而去。黄帝听说后，自己选择日期，占卜升仙的日子，得到戊午日。戊午日果然有龙下来，龙垂胡髯下来迎接，黄帝便乘龙和他的朋友无为子以及诸臣僚等有七十二人都跨上了龙背，小臣们上不去的，将龙髯都拔掉了，黄帝的弓也脱落在地。小臣们抱着弓和龙髯大哭不止。那只弓也因此起名叫乌号，铸鼎之地叫鼎湖。后来有一位臣子叫左徹的，用大木雕刻黄帝本像，率众诸候朝拜祭祀。臣僚们追思仰慕到了疾迷的地步，有的拿着黄帝的几杖立庙祭祀，有的取来衣冠置墓守护，所以有乔山之塚，黄帝曾经游历之处都有祠庙。黄帝居世理政，总共一百二十年，在位一百零五年。黄帝之子少昊，号金天氏，居帝位八十一年，建都曲阜。黄帝之孙颛顼，号高阳氏，居帝位七十八年，建都商丘濮阳。帝喾高辛氏，是黄帝的曾孙，居帝位七十年，建都偃师。帝尧陶唐氏，黄帝的玄孙，帝喾之子，姓伊祈，字放勋，建都平阳，在位七十年。尧将要逊位，试舜三年，后传位于舜。帝舜是有虞氏，黄帝九代之孙，姓申屠，建都蒲坂（今山西永济）。夏禹也是黄帝的玄孙，姓姒，居有帝位，建都安邑（今山西夏县），在位九年，子孙相承，共四百三十二年。按《遁甲开山图》说：禹是得道的仙人。古代有人说：禹是女娲十九代孙，他知吉知凶，知存知亡，知轻知重，能止能行，不燃烧水自沸，不汲水水自满，中生五味，真神物也。黄帝炼九鼎丹成，后以法传于玄子说：此道至重，盟以诫之。黄帝在中里有所记载，藏到了九嶷山，山下江边有大禹庙。

殷汤，黄帝二十代孙，姓子，居帝位，建都在毫州，在位一十三年，子孙相承，共六百二十三年。周发，黄帝二十二代孙，姓姬。又十六代发为周武王，居帝位六年，建都镐京（今西安长安区）。后来平王迁洛阳，子孙相承，共八百七十三年。