仲景的处方非常精妙，如太阳病表虚用桂枝汤；表实用麻黄汤；他又有桂枝麻黄各半汤，桂枝二麻黄一汤，桂枝二越婢一汤，可以按症灵活运用。桂枝汤更有加桂、去桂、加芍、及加附子、人参、厚朴、茯苓、白术、大黄、龙骨、牡蛎、等剂。麻黄汤外，又有葛根汤、大小青龙、麻黄附子，细辛甘草、麻黄杏仁甘草石膏、麻黄连翘赤豆汤等剂。阳明病胃实证用大承气汤，较轻用小承气汤，更轻用调胃承气汤，便结用麻子仁丸，身体虚乏用蜜煎导法。仲景在一千七百年前，已发明了灌肠导便的方法。少阳病其证既无表候，又非里实，用小柴胡汤，他又有柴胡桂枝汤，柴胡桂枝干姜汤，大柴胡汤；兼虚小建中汤等剂。太阴病其初起满实的，用桂枝加芍药和加大黄汤，和泄温利；病重便用四逆汤温散。少阴病其表里虚寒，轻病用麻黄附子细辛、甘草二汤；重病用附子汤；传变先救其里，后救其表，用四逆桂枝二汤，既有表证，且系虚寒，如干姜附子汤，茯苓四逆汤，芍药甘草附子汤等；此外兼水气的用真武汤，兼寒逆的用吴茱萸汤，大肠滑脱的用桃花汤，饮热相并的用猪苓汤，随证施治，一目明了，学者豁然。厥阴病寒热二证，一时并见，用乌梅丸，干姜芩连人参汤。又如三阳合病，邪聚於阳明，用白虎汤；温病蒸蒸发热，自汗出，心烦大渴，用白虎汤；如若太阳病汗吐下太过，而又津液亏乏的，用白虎加人参汤。其他如虚弱证有小建中汤，炙甘草汤，甘草干姜汤，芍药甘草汤，芍药甘草附子汤等方。热郁有栀子豉汤，栀子甘草豉汤，栀子生姜豉汤，栀子干姜汤，加枳实栀子汤，栀子厚朴汤，大黄黄连泻心汤，附子泻心汤，白头翁汤，黄连汤等方。饮邪留滞有小青龙汤，桂枝加厚朴杏子汤，麻杏甘石汤，桂枝加茯苓术汤，茯苓甘草汤，猪苓汤，文蛤散，牡蛎泽泻散，茯苓桂枝甘草大枣汤，苓桂术甘汤等方。饮邪抟结有大陷胸汤，小陷胸汤，瓜蒂散，半夏泻心汤，生姜泻心汤，甘草泻心汤，柴胡桂枝干姜汤，旋覆代赭汤等方。血行瘀滞有桃仁承气汤，抵当汤等方。

杂病的处方分为；痓湿暍，百合狐惑阴阳毒，疟疾，中风，血痹虚劳，肺痿肺痈咳嗽上气，奔豚气，胸痹心痛短气，腹痛寒疝宿食，五脏风寒积聚，痰饮咳嗽，消渴小便淋利，水气病，黄疸病，惊悸吐衄下血胸满瘀血，呕吐哕下利，疮痈肠痈浸淫，跌蹶手指臂肿转筋阴狐疝，蛔虫，妇人妊娠产后病和杂病。另有急救方，自缢死，施行人工呼吸法等。

伤寒杂病论（即伤寒论和金匮要略），近代医学结合伤寒论的研究，对于肠窒、流行性感冒、结核病、败血病、胸膜炎脓胸，单纯性下痢、赤痢，痉挛性便秘，糖尿病的化脓性合并感染等症，运用伤寒六经辩证论治，以及仲景的方药都能轻而易举地得以治疗。仲景认为人与自然是一体的，它们之间有互相通应的关系。自然环境气候水土与人的生存生活疾病有密切关系，天地之间六合之内，四时八节，寒热温凉，气运太过不及，都会使人们在不同年龄不同体质，发生各种各样的疾病。人身是个整体，医学思想也应该是个整体，辨证和治疗都要注重这个互相联系互相制约互相协调的整体。在临床运用上，一切都要因地因时因人，具体情况具体分析，掌握法则灵活应用。

南阳近荆楚之地，杂草丛生，沼泽湖泊，蚊蝇众多。《汉书》描述南阳多暑湿，近夏瘅热，所以此地流行性疾病较多，因其湿热，病毒交结，又“辛苦之人，春夏多湿热病”，饥绥病患触冒之者，必婴暴殄。曹植《说疫气》中感染疫气者多为：被褐茹藿之子，荆室蓬户之人耳。病者缺医少药，荆楚之地巫风盛行，病者都钦望巫祝，仲景生活的时代是东汉末年，战乱频仍干戈跌起，疫疠流行在所难免。汉献帝建安二十二年的大疫记载极为猖獗，“家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀，或阖门而殪，或举族而丧。”汉灵帝建宁四年“屡有大疫”。

医者父母心，仁爱之术！仲景慨叹当今居世之士，曾不留神医药，精究方术：上以疗君亲之病，下以救贫贱之厄，中以保身长全，以养其生。但竞逐荣势，企踵权豪；孜孜汲汲，惟名利是务。……趋世之士，驰竞浮华，不固根本。……痛夫！举世昏迷，莫能觉悟，不惜其命，若是轻生，彼何荣势之云哉！蒙蒙昧昧，蠢若游魂，忘驱徇物，危若冰谷，至于是也……。

医药方术治病养生，利己利他，它的重要性不用讨论，然而世人都“竞逐荣势，企踵权豪，唯名利是务。”所以才悲叹“举世昏迷，莫能觉悟，蒙蒙昧昧，蠢若游魂”。