太平军因头著黄巾，所以又称黄巾军。灵帝中平元年（公元184年 ）的黄巾大起义主力军，被官军残酷地镇压下去后，零星小股隐藏民间，仍在蠢蠢欲动，扰 乱官厅，不甘心失败。

灵帝自黄巾大起义以后，朝政不力，忧伤国事，于中平六年（ 公元189年）四月，死于洛阳南宫，年仅34岁。皇子辩继位，是位少帝，由皇太后临朝执政。 九月，并州牧董卓入朝，废少帝为弘农王立少帝之帝协为帝，是为汉献帝，年九岁。

汉献帝初平年间（公元190——193年），又经过将近十年的休整、发展的黄巾军 在山东地区迅速地扩大起来，严重地影响着地方政权的稳固。地方政府不断火速地上报朝廷 ，请求镇压黄巾军；朝廷很快下诏 ，让山东地方官曹操负责处理此事。

曹操，字孟 德，小名阿瞒，沛国谯（今安徽亳县）人。其祖父曹腾，在东汉四朝任职，终为中常侍大长 秋；其父曹嵩为曹腾养子，实姓夏侯，为夏后惇的从兄弟，灵帝时为太尉。

曹操二十 岁那年，举孝亷为郎，被任命为洛阳北部尉，转任顿丘令。后因其妹夫犯法被诛，曹操被诛 连而免官。后又因操能明达古学，上书朝廷，兴利除弊，又被朝廷征用为议郎。灵帝光和末 年（公元184年，为中平元年），张角组织的黄巾军在各地暴动，曹操被任命为骑都尉，讨伐 颖川（今河南禹州）的黄巾军有功，被提升为济南相。

曹操是在黄巾军号称百万大军 压境的情况下上任的。他的军力物力和黄巾军相比，悬殊太大，死打硬拼，肯定战胜不了， 说不定会造成身败名裂的下场。

青州黄巾军众百万，浩浩荡荡进入兗州境内，捕杀了 任城相郑遂，继而又转入东平境内。刘岱想进攻黄巾军，而鲍信却反对进攻，并且说： “现在贼众百万，百姓都惊怕，士卒无斗志，不能发兵攻打。看黄巾军上下相随团结军 虽无辎重，只有靠抢掠官仓为资。今不如蓄积士众之力，首先固守。敌军战之则不可得，攻 之则又不能，他们的力量一定离散消耗，然后选精锐兵力，根据敌人的要害处进行攻击，就 可攻破。”刘岱不听鲍信的话，于是就发兵与黄巾军战，最后被黄巾军杀害。鲍信连忙 到东郡请求曹操临阵接受降卒三十余万众，再加男女随从的信众，己超出百余万。

曹 操把降卒中身强力壮的人，扩充到自己的编制中，号称“青头兵”。

至此 ，山东地区黄巾军众，己不复存在。

献帝建安元年（公元196年）春，汝南（今河南 平舆北）、颍川（今河南禹州）的黄巾军首领何仪、刘辟、黄邵、何曼等，各率兵数万人， 起初，他们响应袁术；后来，又依附孙坚。二月，曹操率军从山东到来，向两地的黄巾军， 发动猛烈攻击，最后，几方面的黄巾军都被摧垮，擒杀了黄邵等首领，何仪等人眼看大势力 己去，便携残众投降了曹操。这些降卒又被曹操编入到自己的部队中。

建安五年（公 元200年）八月，原来投降曹操的黄巾军首领刘辟，又携众反叛，响应袁绍，攻打许昌。袁绍 让刘备帮助刘辟，反对曹操，曹操派曹仁击败了刘辟的军队，刘备逃走，于是，曹仁就连胜 消灭了刘辟的黄巾残众。
至此，中原一带的黄巾军，便又烟消云散了。